scp ничего не делает, кроме печати использования только после указания места назначения

У вас неверные условия сопоставления файлов.

<Files ~ "^\.py">

будет соответствовать файлам, имена которых будут начинаться с символов .py. Вы захотите

<Files ~ "\.py$">

вместо этого.

Но ваше FilesMatchрегулярное выражение выглядит правильно. Так что, возможно, проблема в другом. Возможно, ваш Apache использует только новые директивы управления доступом в стиле -?

Попробуйте заменить старый стиль -

Order deny,allow
deny from all

с новым эквивалентом стиля -:

Require all denied