Возможно, решено добавлением -d removable
в DEVICESCAN, вот так:
DEVICESCAN -d removable -m root -M exec /usr/share/smartmontools/smartd-runner
Решение было простым: удалить символическую ссылку на файл.desktop и вручную создать новую.
Новый файл Gnome Boxes.desktop
[Desktop Entry]
Name=Boxes
Icon=org.gnome.Boxes
Exec=/usr/bin/flatpak run org.gnome.Boxes
Comment=Gnome boxes
Type=Application