Что заставляет программу загружаться так быстро?

shopt -s nullglob

dir1names=( Dir1/* )
dir2names=( Dir2/* )

while [ "${#dir1names[@]}" -gt 0 ] &&
      [ "${#dir2names[@]}" -gt 0 ]
do

    printf '%s\n' "${dir1names[0]##*/}"
    printf '%s\n' "${dir2names[0]##*/}"

    dir1names=( "${dir1names[@]:1}" )
    dir2names=( "${dir2names[@]:1}" )
done

Это использует bashдля получения всех путей из каждого каталога в два массива. Затем он печатает часть имени файла этих путей (, как lsсделал бы ), чередуя массивы, и удаляет напечатанные целые массивы. Он останавливается, когда один из массивов полностью пуст.

Параметр оболочки nullglobзаставляет не совпадающие -подстановочные шаблоны расширяться до нуля, а не оставаться нерасширенными.

Тестирование:

$ tree
.
|-- Dir1
|   |-- file-1
|   |-- file-2
|   |-- file-3
|   `-- file-4
|-- Dir2
|   |-- otherfile-1
|   |-- otherfile-2
|   |-- otherfile-3
|   |-- otherfile-4
|   |-- otherfile-5
|   `-- otherfile-6
`-- script.sh

2 directories, 11 files

$ bash script.sh
file-1
otherfile-1
file-2
otherfile-2
file-3
otherfile-3
file-4
otherfile-4

Если речь идет на самом деле о объединении файлов в пары в соответствии с их именами, так что файл в одном каталоге соединяется с соответствующим файлом в другом (, как это иногда делается, например.приложений биоинформатики, кажется ), тогда вам лучше просто перебирать один из наборов, а затем конструировать имена соответствующих файлов из другого набора.

Предположим, что файлы называются something_R1_moreи something_R2_more, где somethingи moreидентифицируют конкретнуюR1-R2пару файлов.

for r1 in dir1/*_R1_*; do
    r2=${r1##*/}              # dir1/something_R1_more --> something_R1_more
    r2=dir2/${r2/_R1_/_R2_}   # something_R1_more      --> dir2/something_R2_more

    if [ ! -f "$r2" ]; then
        printf '%s not found\n' "$r2" >&2
        exit 1
    fi

    # process "$r1" and "$r2" here
done