perl -p -i -e 's/alpha-(\d)/beta-$1/g'
\d
соответствует 0...9 (\d)
захватывает (сохраняет )то, что было сопоставлено, и присваивает его $1
переменной (если вы добавите еще один захват, он будет присвоен следующей переменной$2
)\d+
для соответствия еще одной -или -цифре.