Как запускать команду каждый раз, когда я выхожу из оболочки zsh (, включая не -оболочки входа в систему)

С файлом input, содержащим указанные вами значения:

for tuple in 'H1,1' 'O1,8' 'C1,6' 'H2,1' 'H3,1' 'O2,6' 'C2,8' 'Br1,35'; do
    search=$(echo "$tuple" | cut -d',' -f1)
    replace=$(echo "$tuple" | cut -d',' -f2)
    sed -i "s/$search/$search = $replace/g" input
done