Запретить любое интернет-соединение

это тоже выглядит нормально

sed -E "s/^(>[^\s]+) /\1\n/; s/([[:alnum:]]{60})/\1\n/g" /path/file

результат

$ sed -E "s/^>([^\s]+) /\1\n/; s/([[:alnum:]]{60})/\1\n/g" /path/file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
...
...