Похоже, флаг --exclude-from=FILE
— это то, что вам нужно. Вам придется вручную создавать и заполнять каждый проект -для конкретного FILE
такими записями, как:
onedir/*
twodir/*
Для удобства вы также можете создать псевдоним оболочки, чтобы запуск grep
автоматически вызывал флаг --exclude-from=FILE
.