Количество процессов FIFO, устойчивый рост

Если вы думаете о "столбцах", то определенно хотите, чтобы awk анализировал ваши данные. В идеале у вас должен быть доступ к GNU awk.

Попробуйте это:

awk '{for(x=2;x<=NF;x++){gsub(":","",$x)}}1'

Тестовый пример:

$ echo "]chr9:67290502]N SUPP_VEC=011 SVLEN=0 SVTYPE=TRA 0 0 0 0/1:NA:58745598:23,0:--:.:TRA:BND00068094:NA:NA:chr10_8544904-chr9_67290502./.:NA:58745598:0,4:--:.:TRA:126434_2:NA:NA:chr10_8544903-chr9_67290501" | awk '{for(x=2;x<=NF;x++){gsub(":","",$x)}}1'
]chr9:67290502]N SUPP_VEC=011 SVLEN=0 SVTYPE=TRA 0 0 0 0/1NA5874559823,0--.TRABND00068094NANAchr10_8544904-chr9_67290502./.NA587455980,4--.TRA126434_2NANAchr10_8544903-chr9_67290501