egrep сопоставление строк, которые не должны совпадать

Потому что у вас пропущены кавычки. Обратная косая черта интерпретируется оболочкой, и команда grep получает просто .1, а не \.1, поэтому она соответствует любому символу, за которым следует 1.

Лучше всего взять в кавычки всю строку:

egrep '^[A-Za-z0-9\,]+\.1' tool_data_160321.csv

Или в этом случае укажите символ кавычки:

egrep ^[A-Za-z0-9\,]+\\.1 tool_data_160321.csv

Обратите внимание, что второй пример может привести к неожиданностям в зависимости от присутствующих файлов, поэтому просто цитируйте всю строку, это никогда не будет ошибкой.