Как переустановить pulseaudio, если зависимости не совпадают?

Ваш код

tail -c +${index[${contig}]} ${fasta} |
awk '$0~/>/{exit}1' |
awk -f ${pipeline}/utils/reverse-fasta.awk -

Если первый awkнаходит в строке заголовка Fasta (строку, начинающуюся с символа >), он завершает работу. Когда эта команда awkзавершается, больше никто не читает вывод команды tail, и tailуничтожается сигналом SIGPIPE.

Вероятно, это связано с проблемой с вашим массивом indexили, в любом случае, с некоторым несоответствием между файлом Fasta, из которого вы читаете, и местом в файле, в котором вы ожидаете найти данные последовательности.