Печать строк из одного файла, если часть их появляется в другом. Оба файла являются миллионами строк долго

Можно сделать это очень легко использование grep:

$ grep -Ff 123.txt 789.txt
http://www.a.com/kgjdk-jgjg/ 
http://www.b.com/gsjahk123/ 
http://www.c.com/abc.txt 

Команда выше распечатает все строки из файла 789.txt это содержит любую из строк от 123.txt.-f означает, "читает шаблоны для поиска из этого файла", и-F говорит grep рассматривать шаблоны поиска как строки и не его регулярные выражения по умолчанию.

Это не будет работать если строки 123.txt содержите конечные пробелы, grep будет рассматривать пробелы как часть шаблона для поиска желания не, соответствуют, если это происходит в слове. Например, шаблон foo (отметьте конечный пробел), не будет соответствовать foobar. Для удаления конечных пробелов из файла выполните эту команду:

$ sed 's/ *$//' 123.txt > new_file

Затем используйте new_file к grep:

$ grep -Ff new_file 789.txt

Можно также сделать это без нового файла, с помощью i флаг:

$ sed -i.bak 's/ *$//' 123.txt

Это изменит файл 123.txt и сохраните копию оригинала названной 123.txt.bak.

(Обратите внимание что эта форма -i флаг к sed предполагает, что у Вас есть GNU sed; для BSD sed использовать -i .bak с промежуточным пространством.)