Есть ли какие-либо предостережения при использовании shopt -s autocd?

Ошибка --этот код, сокращенно из вопроса ОП:

awk '...stuff...' r/*.red >> r-c/red.csv

...будет вводить много файлов, изменять их и выводить один дополнительный -длинный файл red.csv . Перенаправление >>ведет себя примерно так же, как cat foo/* > bar/baz.

Использование тех же сокращений, чтобы избежать переноса слов -, с basenameи xargs, сгенерируйте команды cpдля копирования файлов r/в r-c/, в то время как изменив их имена, и отредактируйте эти новые файлы в -месте с помощью GNU sed:

basename -a -s r/*.red | xargs -L 1 -I {}   cp  r/{}.red  r-c/{}.csv
sed -i 's/^[^=]*= \|\;}$//g;s/ [^ ]* /,/;s/ /,/'  r-c/*.csv