Вывод ошибки из ls -A приводит к выводу ошибки, почему?

Если $gitea_backup_dirне существует или каким-либо образом делает lsнесчастным, lsнапишет сообщение об ошибке в STDERR.

Вы можете отбросить весь поток ошибок, добавив 2>/dev/nullк своей команде.

ИМХО, лучше:

if ([[ -d "$gitea_backup_dir" ]] && \
    [[ $(stat --format="%h" "$gitea_backup_dir") -gt 2 ]] ) ; then
    echo "Nonempty"
else
    echo "Empty"
fi
  

Сначала убедитесь, что каталог существует, а затем посмотрите, не превышает ли количество жестких ссылок в каталоге (количество файлов и подкаталогов в каталоге )2 (в каждом каталоге есть как минимум 2 записи:.и ..).