использование rsync (или другого инструмента )для исправления временных меток файлов между двумя системами

Во-первых, я укажу, что это небезопасный подход на многих уровнях. как говорится:

Если для запуска script.py вы должны быть root, то пользователь вашего веб-сайта должен иметь конфигурацию sudoers. Сначала вам нужно узнать пользователя вашего сайта.

Затем установите привилегии sudo для этого пользователя, чтобы он мог выполнять script.py без пароля, т.е.:

apache ALL=NOPASSWD: /full/path/to/your/script.py

Затем добавьте исполняемый бит в ваш script.py:

chmod +x /full/path/to/your/script.py

Возможно, вам придется изменить заголовок вашего py-скрипта на:

#! /usr/bin/python

После этого в вашем php вы можете выполнить скрипт с помощью оболочки _exec, например:

$output = shell_exec('/full/path/to/your/script.py');