Вам придется либо:
а. Просто увеличьте размер шрифта по умолчанию:
urxvt -fn 'xft:DejaVu Sans Mono:pixelsize=14'
б. Заставьте сервер X11 возвращать правый DPI вашего монитора вместо 96 DPI .
Я сделал это, поставив
xrandr --fbmm `xrandr | sed -n '/ connected/s/.* \([0-9]*\)mm x \([0-9]*\)mm/\1x\2/p'`
в моем ~/.xsession
.