Можно ли запретить процессу работать на 100% мощности процессора с помощью команды nice или другой команды?

Вы можете использовать такой скрипт:

for i in `find. -type f -name "*.txt"`
do
newfile=$(echo $i|sed -s 's@/@_@g'|cut -c -3)
mv "$i" "dest/$newfile"
done

Если количество файлов очень велико, вы можете попробовать whileвместоfor

while read i
do 
    newfile=$(echo $i|sed -s 's@/@_@g'|cut -c -3)
    mv "$i" "dest/$newfile"
done < (find. -type f -name "*.txt")

П.С. Будьте осторожны с именами файлов/каталогов с нестандартными символами в именах файлов. Для справки проверьте этот вопрос и ответы