Почему я получаю сообщение об ошибке всякий раз, когда пытаюсь выполнить обновление с помощью терминала Kali Linux?

Прежде всего, вы можете вдвое сократить время работы badblocks, используя деструктивный(-w)режим (вместо недеструктивного -деструктивного-n).

Вы также можете настроить размер и количество блоков:

-b block_size
       Specify the size of blocks in bytes.  The default is 1024.

-c number of blocks
       is the number of blocks which are tested at a time.  The default
       is 64.

Количество блоков ограничено только доступной памятью. Размер блока должен соответствовать размеру блока диска, который сейчас обычно равен 4096. Вы можете проверить это с помощью:

lsblk -o NAME,PHY-SeC

Что касается обнаружения проблем с диском, то сейчас это обычно делается с помощью SMART. Современный диск переназначит неисправные сектора, и они даже не будут отображаться в badblocks. Вы можете либо позволить SMART работать по его курсу и время от времени проверять его (smartctl -H /dev/sda), либо вы можете принудительно выполнить тест, например. smartctl -t long. Этот тест не будет (или в меньшей степени )мешать нормальной работе диска. Другими словами, badblocksзаменяется SMART.