Как изменить параметры GCC по умолчанию, отредактировав файлы?

Точно не знаю, что не так с вашим кодом, но возможно, что-то расширяется нежелательным образом из-за переменных без кавычек.

Я сделал следующие улучшения:

#!/bin/bash
FILE1=$1
FILE2=$2
counter=0

while IFS= read -r line; do
    printf '%s\n' "$line"
    if grep -q "$line" "$FILE2"; then
        printf '%d\n' "$((counter++))"
    fi
done <"$FILE1"
printf 'counter=%d\n' "$counter"

1. Использование bash для итерации по файлу не идеально, но если его нужно использовать, вам следует использовать цикл while read, а не цикл for.
2. grep -qиспользуется для подавления любых выходных данных grep, которые могут быть получены
3. printf '%d\n' "$((counter++))"используется для сохранения линии
4. Все переменные указаны в кавычках.
5. printf, а не echo, технически более переносим, ​​но в основном это вопрос предпочтений.