Как использовать hjkl для навигации по меню выбора в оболочке рыбы

get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl— это имя файла, а не команда.

Ваши скрипты написаны на Perl, поэтому измените файл runscriptследующим образом:

perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:9554976-9657232 EUR ENSG00000133789.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:70272382-70444560 EUR ENSG00000131626.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:94324686-94541163 EUR ENSG00000020922.txt
...