Как использовать несколько файлов.zshrc?

Попробуйте pasteобъединить четыре строки в одну, readобъединить их в четыре переменные, добавив каждую к выходным строкам:

paste -s -d"   \n" file | 
{ while read A B C D 
    do  L1="$L1$DL$A"
        L2="$L2$DL$B"
        L3="$L3$DL$C"
        L4="$L4$DL$D"
        DL=, 
    done 
  printf "%s\n" "$L1" "$L2" "$L3" "$L4"  
}
col1,col2,col3,col1,col2,col3,
1,disease1,high,2,disease1,low,
1,disease2,low,2,disease2,low,
1,disease3,high,2,disease3,high,

РЕДАКТИРОВАТЬ:или, немного проще, pasteне нужно:

while read A && read B && read C && read D     
  do    L1="$L1$DL$A"
        L2="$L2$DL$B"
        L3="$L3$DL$C"
        L4="$L4$DL$D"
        DL=,     
  done < file 
printf "%s\n" "$L1" "$L2" "$L3" "$L4"