Сделайте это после команды rsync
find /path/to/src -type d | while read D; do F=$(find ${D} -maxdepth 1 -type f | head -1); test -z ${F} || cp ${F} "/path/to/dest$(echo ${F#path/to/src})"; done
Будет скопирован первый файл из каждого каталога, содержащего какие-либо файлы