Если путь назначения cp оказывается каталогом, как избежать ошибочного создания файлов внутри этого каталога?

Что касается абсолютной совместимости, вы можете проверить целевой каталог перед попыткой копирования.

Либо ошибка,

[ -d dest ] && echo "${0##*/}: is a directory: dest" >&2 && exit 1
cp src dest

или тихо удалить цель

[ -d dest ] && rm -rf dest
cp src dest

Не существует атомарной операции для удаления каталога и замены его файлом. (Вы можете найти такую ​​команду, как cp --no-target-directory, но лежащая в ее основе операция по-прежнему принципиально не атомарна. Все, что вы делаете, это уменьшает поверхность атаки, а не устраняет ее.)