Можно ли с помощью Portage поддерживать специфичные для пользователя -космические пакеты -патчи?

Было бы неплохо посмотреть, что Ваш скрипт делает в первую очередь. Когда вы читаете такой файл, вы можете прочитать содержимое файла с помощью цикла while :

while read p; do
   echo $p
done <&0

Цикл сразу назначит одну строку файла переменной p . Обратите внимание на оператор перенаправления в конце цикла -, он перенаправляет стандартный ввод.