есть программа, которую можно запустить из bash, она называется
cpulimit
и вот документация по нему
http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/cpulimit.1.html
А я копирую их первый пример
ПРИМЕРЫ Предполагая, что вы начали foo --bar
и узнали с вершиной (1 )или ps (1 )что этот процесс использует все процессорное время, которое вы можете либо
# cpulimit -e foo -l 50
limits the CPU usage of the process by acting on the executable
program file (note: the argument "--bar" is omitted)