как составить список без изменения порядка в сценарии оболочки?

Обратите внимание, что с GNU ls, если вы передадите -vопцию(версию сортировку ), эти файлы будут перечислены в хронологическом порядке.

То же, если вы используете квалификатор nglob (или опцию numericglobsort)в zsh, как в:

combine-nc-files./*.nc(n)

Теперь для переименования вы можете использовать zshи выполнить:

autoload -Uz zmv # best in ~/.zshrc
zmv -n '(*_<1979-2018>_)(<1-12>)_(<1-31>)(_UVP.nc)' \
       '$1${(l[2][0])2}_${(l[2][0])3}$4'

(удалить-n(всухую -запустить )если устраивает)

К lлевому -паду с 0с шириной 2тех месяцев и дней.

У вас проблема с порядком файлов. lsсортирует их по алфавиту, но вы хотите, чтобы они сортировались по-разному.

ls *.nc |sort  -t_ -k2 -k3 -k4 -n

сообщит sortиспользовать _в качестве разделителя полей, а затем выполнить численную сортировку(-n)по второму, третьему и четвертому полю.

#!/usr/bin/python
import os
import glob
file=[]
arr=[]
for i in glob.glob('*.nc'):
    file.append(i.strip())

for g in file:
    arr.append(g.split('_')[3])
arr.sort()

for er in arr:
    for nh in file:
        p=nh.split('_')[3]
        if (p == er ):
            print nh

Проверено, работает нормально