urxvt не работает, а xterm работает для одной и той же команды

Создайте сценарий очистки как/etc/initramfs-tools/scripts/init-bottom/cleanup.sh:

#!/bin/sh
echo "Killing dropbear"
killall dropbear
exit 0

...и сделать его исполняемым:

chmod +x /etc/initramfs-tools/scripts/init-bottom/cleanup.sh

Обновите initramfs как обычно:

update-initramfs -u