система работает нормально с некоторыми странными проблемами, но fsck говорит, что все суперблоки повреждены

По крайней мере, в системах на основе Debian -вы должны иметь возможность установить OCaml -на основеcsvtool

$ csvtool -u '|' cat file.csv
12584|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc
25841|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc
87455|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc

Вы также можете использовать модуль Perl Text::CSV:

$ perl -MText::CSV -lne '
  BEGIN{$p = Text::CSV->new()} 
  print join "|", $p->fields() if $p->parse($_)
' file.csv
12584|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc
25841|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc
87455|Capital of America, Inc.||HORIZONCAPITAL|USA|......etc