Как предотвратить автоматическую вставку вашего имени пользователя Git и адреса электронной почты в файл gitconfig?

Другие решения подходят, если у вас всегда один и тот же формат и вы хотите извлечь только это единственное значение.

Если вам нужно больше гибкости для получения других данных, вы должны использовать формат данных json.

Решение Python:

import csv, demjson
with open('test') as csvfile:
    reader = csv.reader(csvfile, delimiter=' ', quotechar='"')
    for row in reader:
        data = demjson.decode(row[1])
        for d in data:
            for pd in d['phenodata']:
                for pt in pd['phenotypes']:
                    phname = pt['phNAME']
                    print('%s %s' % (row[0],phname))

Выход:

ENSG00000268674 Dynamic changes
ENSG00000268674 Strong inhibition of secretion
ENSG00000215268 Dynamic changes
ENSG00000130538 Intracellular retention of SH4(YES)-mCherry

Поскольку ваша строка jsonнедействительна, мы не можем использовать модуль json.
У вас должен быть установлен модуль demjson:

# python3:
pip3 install demjson
# python2:
pip install demjson