Дополнительный ответ (на ответ evilsoup)

Для обработки

• Все файлы в подкаталогах
• Пробелы в именах файлов(find's -print0+ xarg's-0)
• Хранить вновь созданные файлы m4a в том же каталоге, что и их исходные файлы flac($1из позиционного аргумента sh -c--FILE, установленного xarg-I)
.

Один -вкладыш

find. -name '*.flac' -print0 | xargs -0 -I FILE sh -c 'ffmpeg -i "$1" -c:a libfdk_aac -vbr 3 "${1%.flac}.m4a"' -- FILE