следующий сценарий оболочки должен сделать это
#!/bin/sh
sed '
/\\begin{document}/ a\
\\usepackage[utf8]{inputenc}\
\\usepackage[T1]{fontenc}\
\\usepackage{ngerman}
' $1
просто назовите сценарий со своими файлами, как введено (один за другим)
Кажется, что причина проблемы UltraKSM-связана. У меня нет точных доказательств в данный момент на руках, но это вероятно.