Файл ~/.thunderbird/profiles.ini, вероятно, не соответствует существующей структуре каталогов. На машине B удалите каталог ~/.thunderbird или переименуйте его в ~/.thunderbird.old или что-то в этом роде. Скопируйте весь каталог ~/.thunderbird с машины A.
Правила, фильтры и т. д. не должны сильно меняться, и вам, вероятно, следует использовать imap для хранения почты, чтобы сообщения всегда оставались на сервере.