Можно ли пропустить найденные файлы в найденных папках при использовании поиска?

Вы можете добавить каталоги, пустые на стороне назначения из-за исключений, в фильтр исключения. Если вы можете исключить весь каталог, ваши правила фильтрации будут более простыми, и --prune-empty-dirsможет даже не понадобиться. В качестве альтернативы вы можете добавить правила защиты в свой список фильтров для каталогов, которые действительно пусты на стороне источника. Со страницы руководства rsync:

You can prevent the pruning of certain empty directories from the file-list by using a global "protect" filter. For instance, this option would ensure that the directory "emptydir" was kept in the file-list:

--filter ’protect emptydir/’

Короткое имя для защиты — просто заглавная P, поэтому, например, правило может выглядеть так:

P.stfolder

для защиты синхронизируемого объекта .stfolderот обрезки.

Если только папки, которые вы хотите исключить или защитить, не могут быть идентифицированы с помощью шаблона, вам нужно будет четко указать свои правила, но некоторая комбинация этих двух подходов должна быть в состоянии достичь того, чего вы хотите. По моему опыту, правила rsync никогда не бывают полностью законченными, а постепенно совершенствуются с годами.