Рекурсивное удаление всех подпапок, кроме одной

Вы столкнулись как минимум с двумя проблемами:

• Псевдонимы не раскрываются, когда оболочка не интерактивна, если только параметр оболочки expand_aliasesне установлен с помощью shopt.

• .bashrcобычно содержит конфигурацию для интерактивных оболочек, а не для скриптов (, то есть не -интерактивных оболочек ).

Есть несколько решений:

# Set expand_aliases option and add the alias (in your script)
shopt -s expand_aliases
alias oTools="/home/user/folder/oTools-cli"

# Create a function instead of an alias (in your script)
oTools() { /home/user/folder/oTools-cli "$@"; }

# Add /home/user/folder to your PATH (in your.profile)
PATH="/home/user/folder:$PATH"