Не удается загрузить Windows после установки PrimeOS

rsync --inplace file-a file-bдолжен делать то, что вы хотите.

https://linux.die.net/man/1/rsync

--inplace This option changes how rsync transfers a file when the file's data needs to be updated: instead of the default method of creating a new copy of the file and moving it into place when it is complete, rsync instead writes the updated data directly to the destination file.