Используется ли ~/.local/share/Trash/files GNOME только для удаленных файлов, а не командой rm?

Это используется программами, соответствующими спецификации корзины FreeDesktop.org . rmне соответствует этой спецификации, но многие современные среды рабочего стола делают :вместо того, чтобы удалять файлы сразу, они перемещают их в соответствующий каталог корзины, что позволяет при необходимости «восстановить удаление».

В командной строке -можно использовать один инструмент gio trash; gio trash ${file}переместит ${file}в корзину, а gio trash --emptyочистит корзину. Поэтому, если вы хотите, вы можете сделать rmфункцией, основанной на gio trash.