Попытался выполнить команду ниже, все работает нормально
awk 'NR==1 {$8=$7;$7=$6;$6=$5;$5=0}1' filename| sed -r "s/\s+/ /g"| sed "s/ /\t/g
"
выход
GCF_000014165.1_ASM1416v1.dist_nbr_anntn WP_011558474.1 1155234 1156286 0 polyketide synthase [Mycobacterium]
GCF_000014165.1_ASM1416v1.dist_nbr_anntn WP_011558475.1 1156298 1156807 12 carboxyl methyltransferase [Mycobacterium]
GCF_000014165.1_ASM1416v1.dist_nbr_anntn WP_011558476.1 1156804 1157820 -3 oxidoreductase [Mycobacterium]
Выяснил ответ. Поскольку SFTP не допускает переменных и имеет ограниченные команды. Вместо этого я сделал следующее.
#Set Variables
date=(date +%Y%m%d)
echo -e "mget /directorypath/arc.$date.*" | sftp username@IPaddress
Ключ -e в команде echo является ключевым в этой работе, поскольку он позволяет интерпретировать переходы обратной косой черты.