OpenVPN блокирует установленное соединение между пользователями?

Я предлагаю вам не полагаться на ,перед (), а вместо этого полагаться на него после с \?. В любом случае, не имеет значения, есть ли у вас одно или несколько пространств. Что-то подобное должно сделать это за вас:

sed -i 's/("[^ ]*", [1-9][0-9]*),\?//g; s/,\s*;/;/' dump.sql

Обратите внимание, что \?означает, что ,не является обязательным символом. Если бы его не было, совпадение все равно было бы.