Вопросы Теги

sed с числовыми квантификаторами -как?

Если ваша оболочка их поддерживает, вы можете использовать ассоциативный массив для первого случая:

declare -A list=([john]="john@gmail.com" [doe]="doe@outlook.com" [jenny]="jenny@another.domain")

for i in "${!list[@]}"; do 
  echo "Dear $i, email text" | mail -s "Hello $i" "${list[$i]}"
done

Для второго случая цикл while:

while IFS=, read -r i j; do
  echo "Dear $i, email text" | mail -s "Hello $i" "$j"
done < file.csv

(это предполагает, что ваш файл правильно отформатирован в формате CSV без строки заголовка ).

2
02.10.2020, 15:14
1 ответ

Здесь немного по-другому:

  1. Сохранить вывод в новые файлы:

    for file in *fa; do 
     sed -E 's|^\s*(>.{10,}.*)/.*|\1|' "$file" > "$file.fixed"; 
 done

  2. Отредактируйте файлы на месте:

    sed -i -E 's|^\s*(>.{10,}.*)/.*|\1|' *.fa

Параметр -Eвключает расширенные регулярные выражения. Это позволяет нам использовать ()для захвата и {}для повторов без необходимости экранировать их. Я также изменил разделитель на |для ясности и добавил примечание^\s*(о том, что это может не поддерживаться вашим sed; если это не так, вы можете использовать ^ *вместо ), так как иногда вы можете иметь пробел перед >в файлах fasta.

Затем хитрость заключается в том, чтобы сопоставить >, за которым следуют 10 или более символов до /, захватить эти символы скобками, чтобы они стали \1, и заменить всю строку только совпадающей частью.

Обратите внимание, что будет найден самый длинный отрезок из >10 символов до последнего /. Итак, если в одной строке несколько /, будут сохранены все, кроме последнего. Например:

$ echo ">header1_some_extra_data_here/1-1000/foo/bar/baz" | 
    sed -E 's|^\s*(>.{10,}.*)/.*|\1|' 
>header1_some_extra_data_here/1-1000/foo/bar

Чтобы избежать этого и удалить все после первого /, если вы уже сопоставили 10 символов, используйте:

sed -E 's|^\s*(>.{10}[^/]*)/.*|\1|'
2
18.03.2021, 23:00

Теги

Похожие вопросы