pdftk не обновляет метаданные PageLabel

Нет, параметры и аргументы aptи yumотличаются, как и имена пакетов во многих случаях.

Вы также, кажется, путаете rpmи yum, yumэквивалентно apt, rpmэквивалентно dpkg. dpkg— бэкенд для apt, rpm— бэкенд для yum.

Вам придется просмотреть страницы manдля aptи yum, чтобы найти эквивалентные параметры. В качестве альтернативы вы можете посмотреть на инструмент управления конфигурацией, такой как puppet, который абстрагирует множество различий между ОС между дистрибутивами, но это может быть излишним для того, что вы делаете.