Обновление устаревших модулей PHP

1. Нет, файл не может принадлежать двум rpm пакетам
2. У вас установлены две версии одного и того же пакета. Вам нужно решить эту проблему.

Лично я уже сталкивался с этим несколько раз, когда обновлял некоторые пакеты, после чего сервер отключался, поэтому данные на диске были неполными. Вы можете попробовать восстановить rpmdb:

rpm --rebuilddb

Если у вас установлено два пакета даже после перестроения базы данных rpm, вы можете попробовать просто удалить оба пакета, а затем переустановить нужный.