Если идентификаторы помещаются в одну командную строку:
parallel --jobs 28 recon-all -s {.} -all -qcache ::: "${ids[@]}"
Если вы восстанавливаете tar только для извлечения данных и/или исследования, вам не нужно восстанавливать его в том же месте, что и в исходной системе.
tar -C /path/to/restore/dir -xf /path/to/archive