Да, проблема заключается в базе данных mime, а именно в файле :/usr/share/mime/packages/freedesktop.org.xml
Исправить:
Удалить запись из файла /usr/share/mime/packages/freedesktop.org.xml
Выполнить:
sudo update-mime-database /usr/share/mime
При этом файл *.key останется двоичным файлом по умолчанию, затем выполните этот процесс с соответствующим дескриптором XML.
Добавить новое расширение файла к существующему (типу MIME )
Я полагаю, что это связано с фрагментацией и разрешением :вам необходимо решить, в каких секторах находится файл, и перезаписать их последовательно, в то время как запись в новый файл позволяет выделить непрерывный фрагмент секторов.