Внешний монитор Ubuntu показывает только курсор мыши

xkill не может быть запущен, так как клавиатура по-прежнему захвачена. bindsym --release $mod+Pause exec xkillдолжно помочь.

Из руководства пользователя i3:

Some tools (such as import or xdotool) might be unable to run upon a KeyPress event, because the keyboard/pointer is still grabbed. For these situations, the --release flag can be used, which will execute the command after the keys have been released.