Как установить FileZilla3 на kali linux?

Вы не помещаете значок приложения в тему; вы помещаете его в каталог, связанный с вашим приложением, а затем файл рабочего стола указывает на него.

Например, вы можете поместить свой файл в /usr/share/myapp/myicon.ico, а затем в файле на рабочем столе будет строкаIcon=/usr/share/myapp/myicon.ico