Проблема здесь заключается в переменном раскрытии фигурных скобок.
Попробуйте переписать его на
for ((i=1;i<=$1;i++))
do
#your code here
done
Вы можете настроить цикл for и вызвать sed для создания файла разбора.
for f in *LC.fa; do
if=${f%.*}.fmt
of=${f%.*}.parsed.txt
sed -e '
8N;9q
6N;/\n./q;d
' < "$if" > "$of"
done