Используйте:
find /dropbox/input -mindepth 2 -maxdepth 2 -type f -exec mv '{}' /project/input \;
Параметры «mindepth» и «maxdepth» ограничат результаты поиска файлами, которые находятся в подкаталогах вашего «входного» каталога, но не в самом «входном» каталоге и не в подкаталогах -. Попробуйте сначала без части «-exec», чтобы увидеть, перечислены ли в нем файлы, которые вы хотели:
find /dropbox/input -mindepth 2 -maxdepth 2 -type f