Просто для справки, но в Tomcat 8.5.38 (не проверял 7, хотя ), мой пользовательский setenv.sh
по-прежнему подхватывался нормально. Мне нравится использовать это, например. для установки $CLASSPATH, который я нахожу более удобным -в обслуживании, и мне не нужно адаптировать собственные файлы запуска Tomcat, и это делает мои пользовательские изменения более заметными.