Извлечение определенных данных в несколько файлов в разных каталогах

Предполагая, что вы работаете в bash, с gnu grep и sed и с вашими 3 каталогами:

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

Вы можете использовать функцию globstar (**)в bash

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

Итак, теперь все, что вам нужно сделать, это найти нужные строки с помощью grep

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

Затем вы должны использовать sed для изменения извлеченных строк. Полная команда выглядит как

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

note :Я предположил, что в папке 2ert _B нет файла Pocket _001 _1trg _A.pdb _OUTPUT.txt.