`ls -l~~`(две тильды )+ вкладка показывает не каталоги, начинающиеся с ~~, а пользователей

~— это синтаксический сахар, доступный в Bash, который предназначен для расширения до $HOME. У автозавершения Bash было много особенностей, над которым до сих пор работают. Раньше он не мог -автоматически дополнять многие имена файлов специальными символами, такими как, например, новая строка или звездочка, и похоже, что вы обнаружили еще одну причуду.

Мой C -foo недостаточно силен, но похоже, что ответ, который вы ищете, должен быть где-то рядом

/* We aren't done yet.  We also support the "~user" syntax. */

в lib/readline/complete.c

Для bash man readlineобъясняет:

Completing
  complete (TAB)


Attempt to perform completion on the text before point.
The actual completion performed is application-specific.  

Bash, for instance, attempts completion treating the text as a 

variable (if the text begins with $), 
username (if the text begins with ~), 
hostname (if the text begins with @), or 
command (including aliases and functions) in turn.  

If none of these produces a match, filename completion is attempted.

Завершение имени пользователя также может быть запущено с помощью M-~.

...и завершение имени файла по умолчаниюM-/(Esc, /илиAlt-/)

]# touch '~~ van tilde'
]# ls ~~\ van\ tilde 

(сls ~~Esc/)

Завершение и расширение не следует путать.

После touch \~ftpи ~f+TABя получаю:

\~ftp/что ни то, ни другое. Обратная косая черта показывает, что bash распознает файл, косая черта происходит от расширения как /srv/ftp/.