команда не найдена, хотя она находится по пути

Хорошо, у меня есть более или менее ваши настройки.

$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/games:/home/user/bin/Telegram

и

$ ls -l /home/user/bin/Telegram/Telegram 
-rwxr-xr-x 1 user user 101222968 jun 30 12:29 

Вы можете проверить, в порядке ли ваш путь, введя команду which, она сообщит вам, как была разрешена команда без пути:

$ which Telegram
/home/user/bin/Telegram/Telegram

Теперь, если я запущу только Telegram, он будет найден и запущен. Не могли бы вы проверить, возвращают ли приведенные выше команды аналогичные результаты?